Typo3 bietet sich für den Multidomainbetrieb an.

YAML muss für diesen Zweck nicht mehrfach in der Typo3 Umgebung abgelegt werden.
Der Grundgedanke ist, sich dieses Frameworks als Basis für das eigene Layout zu bedienen.
Die eigene Note wird dann über entsprechende Modifikationen geregelt.

Angefangen wird mit dem Anlegen einer neuen Seite.
Über die Seiteneigenschaften den YAML Sysordner (General Storage) als "Allgemeine Datensatzsammlung" einbinden,
oder einen eigenen Sysordner im Projekt erstellen und dort die YAML Templates importieren (z.B. ab Version 2.1.0. leicht zu erledigen).
Nicht vergessen die YAML Extension als statische Vorlage im Template einbinden.
Über die Seiteneigenschaft das gewünschte Layout wählen (Seiten-Datenstruktur).
In meinem Beispiel das YAML standard 2col_left_seo
Der entsprechende Domain Record sollte auch nicht fehlen.

Für jede Domain wird ein Haupttemplate mit folgendem Inhalt angelegt:

config.baseURL entsprechend der eigenen Domain anpassen.

Für die CSS Modifikation jeder Domain auf Basis von YAML eine Verzeichnisstruktur anlegen.
z.B.

fileadmin/domain.tld/css
fileadmin/domain.tld/images
fileadmin/domain.tld/javascript
[...]

In dieses Verzeichnis werden die CSS Modifikationsdateien abgelegt.
Sind die Modifikationen erheblich, empfehle ich diese in mehrere CSS Dateien gemäß ihrer Verwendung aufzuteilen, z.B. für Navigation, Menü, Submenü usw.
und diese dann in einer Core CSS Datei importieren.
Die Core CSS Datei, oder bei Verwendung nur einer Modifikationsdatei diese wie folgt in das Projekt einbinden.

Seitentemplate -> Setup

Die modifizierte projektbezogene CSS Datei wird somit an das Ende gehängt. Die darin definierten Werte überschreiben die Originale.
page.headerData.30 ist nur ein Vorschlag.
page.headerData.29 hängt die in fileadmin/css/ befindliche myOwnStyles.css ein.
Diese kann im Prinzip auch für eigene Modifikationen verwendet werden, da sie immer eingehangen wird, gilt dann aber für alle Layouts.
Dies bietet sich aber z.B. für immer wiederkehrende und/oder projektübergreifende Überschreibungen an. Deswegen lasse ich diese Datei auf
ihrer Position.

Man kann auch weiterer CSS Dateien einhängen um z.B. einen Layout Switch zu realisieren.
Diese würden dann z.B. an page.headerData.31 page.headerData.32 page.headerData.33 usw. eingehängt.
Mit ein wenig JavaScript können dann die nicht zu verwendeten deaktiviert werden.

Diese Vorgehensweise tastet das YAML Framework nicht an, somit lässt sich die im Beispiel verwendete layout_2col_left_seo.css und ihre importierten css
Dateien für eine andere Domain mit einer völlig anderen Modifikation verwenden.